4 - Sensibilité aux antibiotiques

Les bactéries anaérobies sont responsables d'une grande variété d'infections localisées ou généralisées.

Dans plus de 80 % des cas il s'agit d'une infection mixte, associant bactéries aérobies ou aéro-anaérobies

et anaérobies strictes.

La plupart de ces bactéries se développent lentement. Leur isolement et leur identification demandent un certain délai. Leur mise en évidence reste toujours délicate.

Un certain nombre d'indices permettent de suspecter présence :

* mauvaise odeur des échantillons, présence de gaz dans la lésion,

* localisation de la suppuration (abcès sous maxillaire ou cervical, pleurésie purulente, péritonite,

abcès de la sphère gynécologique).

Les échecs de culture sont fréquents, les principales causes en sont : mauvais prélèvements, mauvaises

conditions de transport, méthodes de culture inadaptées, malgré l'utilisation d'enceintes anaérobies

( jarre ou chambre).

Deux grands types d'infections :

Les infections à Clostridium sécréteurs de toxines. Ils sont généralement d'origine exogène. .

Ils survivent dans la nature grâce à leur spore.

On distingue :

- les toxi-infections (Clostridium tetani, Clostridium perfringens, Clostridium difficile). Le germe

pénètre dans l'organisme à l'occasion d'une blessure (Clostridium tetani), il se développe localement,

sécrète sa toxine qui provoque la maladie (tétanos).

C. perfringens responsable des gangrènes gazeuses (myonécroses, cellulites, fasciites), pénètre à l'occasion

de blessures mais peut être d'origine endogène secondaire à des lésions de la paroi digestive.

Clostridium difficile pénètre dans l'organisme par voie digestive mais dans des conditions normales

il ne peut se développer dans le tube digestif.

La destruction d'une flore de barrière par une antibiothérapie permettra sa multiplication et la sécrétion des toxines.

- les intoxinations (Clostridium botulinum).

C'est l'ingestion de la toxine préformée qui est responsable de la maladie.

sont associées à d'autres bactéries, elles peuvent se compliquer de métastases infectieuses à distance.

* Isolement et identification des bactéries anaérobies strictes :

- La recherche des anaérobies ne se pratique ni pour les intoxications ni pour les toxi-infections

d'origine exogène. Le diagnostic est essentiellement clinique.

- L'origine des infections à anaérobies est essentiellement endogène, la composition de ces flores

est importante à considérer car de sa connaissance dépende la nature des espèces isolées dans

leur voisinage (tableau 1).

* Les bactéries anaérobies sont surtout recherchées dans les prélèvements suivants :

- hémocultures,

- liquides de ponction (pleurale, péricardique, articulaire),

- abcès du poumon : dans la mesure où le prélèvement a été réalis‚ grâce à une technique

protégeant le prélèvement de la contamination bucco-dentaire),

- ostéite,

- abcès du cerveau,

- péritonite,

- abcès abdominaux ou gynécologiques.

Les anaérobies ne doivent pas être recherchés dans un prélèvement hébergeant habituellement une flore

commensale : crachats, selles, prélèvements vaginaux.

La recherche de C. difficile lors d'une diarrhée au décours d'un traitement antibiotique est un cas particulier.

Peau

Propionobactérium acnes +++

Peptostreptococcus spp

Flore buccale

Prevotella pigmentées

Porphyromonas spp

Prevotella groupe oralis

Fusobacterium nucleatum

Peptostreptococcus spp

Eubacterium spp

Actinomyces spp

Flore vaginale

Lactobacillus +++

Prevotella bivia, P. disiens

PrevoteIla pigmentées

Peptostreptococcus

Flore colique

Bacteroides groupe fragilis +++

Bilophila wadsworthia

Leptostreptococcus spp

Clostildium spp

Bifidobacterium spp

Eubacterium spp

+++ germe dominant

L'une des principales causes d'échec d'isolement des bactéries anaérobies est la mauvaise qualité du

prélèvement et/ou du transport.

La recherche de ces bactéries peut se faire soit sur un prélèvement aspiré : seringue ou pipette (les pipettes en plastique ont des propriétés oxydantes qui les rendent toxiques pour les bactéries anaérobies), soit sur un écouvillon (écouvillon d'alginate ou en dacron), il doit être obligatoirement placé dans un milieu de transport. Le mieux est d'utiliser une seringue purgée d'air.

Les prélèvements à la seringue ou à la pipette ont deux avantages par rapport aux prélèvements sur écouvillon :

* ils permettent de prélever le pus au niveau du foyer infecté, en évitant la contamination par les flores du voisinage, ce qui est plus délicat avec un écouvillon,

* ils évitent la dessiccation ou la rétention de bactéries dans l'écouvillon, et l'exposition à l'oxygène.

* ils permettent de noter les caractères organoleptiques.

En pratique cependant, l'écouvillon demeure un moyen de prélèvement utilisé.

Après prélèvement, il faut veiller à :

* empêcher la dessiccation du produit pathologique,

* protéger les bactéries de l'oxygène de l'air.

Le milieu de transport idéal doit préserver la multiplication ultérieure des anaérobies, mais aussi des aérobies.

Il doit contenir des substances réductrices.

La plupart des milieux de transport commercialisé ont pour base le milieu de Stuart. Les meilleurs milieux sont gélosés : Portagerm (bioMérieux), TGV anaérobie (Sanofi-Pasteur), Port A Cul (Becton Dickinson).

L'isolement et l'identification demandent un délai de quelques jours à quelques semaines.

Il importe de signaler rapidement la présence des anaérobies dans un prélèvement.

* L'aspect du pus est souvent très évocateur : pus abondant d'odeur nauséabonde.

* L'examen du frottis après coloration par la méthode de Gram.

* La flore bactérienne est abondante et polymorphe associant des bacilles et des cocci à Gram positif et négatif.

Trois aspects peuvent se rencontrer :

- le pus est très évocateur avec une flore polymorphe typique (60 % des suppurations),

- la flore peu abondante mais associant plusieurs catégories de bactéries (20 à 30 % des

suppurations),

- l'examen direct non évocateur, les cultures sont monomicrobiennes (10 à 15 % des cas).

* On peut utiliser des méthodes immuno-enzymatiques pour Clostridium difjicile pour mettre en

évidence les toxines dans les selles.

* La localisation de la suppuration permet de préjuger des anaérobies que l'on peut isoler (tableau 2).

* Les milieux

L'isolement nécessite des milieux gélosés, contenant de nombreux facteurs de croissance et

rendus sélectifs grâce à l'addition d'antibiotiques.

Il est important de toujours utiliser des milieux désoxygénés (régénérés), fraîchement préparés et conservés en anaérobiose avant leur utilisation.

Différents milieux ont été proposés, ils peuvent être limités :

* Milieu gélosé pour les bacilles à Gram négatif (exemple Schaedler au sang avec vancomycine (7,5 mg/1)

et néomycine (75 mg/1)).

Ce milieu permet l'isolement des Bacteroides du groupe fragilis, des Prevotella, des Fusobacterium.

* Gélose Columbia au sang et au phényléthyl-alcool (4,2 g/100 ml) spécifique des bactéries à gram

positif et des Phorphyromonas.

* Pour les Clostridium : TSN, gélose au jaune d'oeuf et néomycine, Columbia au sang avec

cyclosérine et cefoxitine pour C. difficile.

Certaines bactéries peuvent avoir des difficultés à se développer sur une gélose au sortir de l'organisme.

Il faut toujours associer un bouillon anaérobie à un milieux gélosé. Ce bouillon est repiqué après 48 à

72 heures sur des géloses sélectives.

* Les conditions d'anaérobiose

Il existe actuellement des sachets permettant de faire l'anaérobiose en moins d'une demi heure

sans catalyseur.

Elle est réalisée dans des jarres ou des sacs en plastique fermés hermétiquement.

Les chambres anaérobies sont très utiles, mais pas indispensables pour l'isolement des anaérobies,

elles nécessitent une surveillance constante.

L'alternative peut être réalisée par un système permettant de faire le vide dans une jarre et d'injecter

un mélange gazeux.

Il est nécessaire de bien vérifier l'anaérobiose réalisée à l'aide d'un indicateur d'oxydo-réduction 3

(bande de papier buvard imprégné de bleu de méthylène ou de résazurine).

+++ : espèce présente dans la majorité des prélèvements

+ à ++ : présence dans 20 à 80 % des prélèvements

(+) : espèces isolées dans 10 à 20 % des prélèvements

L'identification s'effectue en deux temps :

4 - Sensibilité aux antibiotiques

Bibliographie