1 - Contextes

Les suppurations fermées peuvent avoir plusieurs localisations :

- abdominale

- pelvienne

- buccale

- cérébrale

- cervicale

- ostéoarticulaire

- cellulaire sous-cutané

Il peut s'agir d'une infection :

- par contiguïté, à partir d'une flore commensale

- post-traumatique ou secondaire à des manoeuvres chirurgicales

- secondaire à une métastase septique .

Site de l'infection Principales bactéries à rechercher

Abcès du cou Streptocoques

Abcès du cerveau Staphylocoques

Abcès du poumon Groupe HACEK

Anaérobies

Suppurations Entérobactéries

Cavité abdominale Entérocoques

Bacteroides

Clostridium

Péritonites pelviennes Entérobactéries

et pyosalpinx Streptocoque du groupe B,

Anaérobies

G. vaginalis

S. aureus

P. aeruginosa

C. trachomatis

N. gonorrhoeae

Os et articulations Staphylocoques

Bacilles à Gram -

Anaérobies

Tissus sous-cutanés Anaérobies

Cocci à Gram +

Bacilles à Gram -

Les suppurations proches de la flore bucco-dentaire : abcès du cou, abcès du cerveau, abcès du poumon.

Les suppurations proches de la flore intestinale : péritonites, abcès intra-abdominaux, abcès des

organes rétro-péritonéaux. Les suppurations proches de la flore vaginale : pyosalpinx et péritonite

pelvienne.

Dans ces différentes suppurations, une lésion primitive permet aux bactéries de la flore de voisinage de

pénétrer dans les tissus. Dans la majorité des cas il s'agit d'une infection mixte associant bactéries aérobies

et anaérobies strictes.

Il s'agit le plus souvent d'infections secondaires à une métastase septique ou post-traumatique.

- Os et articulation

- Abcès du cerveau

- Tissu cellulaire sous cutané

- Abcès du poumon

Les bactéries à rechercher d'après le contexte

* Abcès du cou : Streptocoques, bactéries du groupe HACEK, Staphylocoques et anaérbies

(F. necrophorum et Actinomyces sont les bactéries les plus pathogènes).

* Abcès du cerveau et du poumon : Ils sont souvent secondaire à une infection loco-régionale.

Les streptocoques et les anaérobies sont les bactéries le plus souvent isolées.

* Suppuration abdominale haute post-opératoire : Staphylococcus aureus, Entérobactéries.

* Suppurations abdominales basses (péritonite secondaire à une appendicite ou une sigmoïdite,

abcès des viscères intra-abdominaux, ou rétro-péritonéaux) : E. coli, Entérocoques, Bacteroides fragilis, Clostridium spp.

Abcès hépatiques : Staphylocoques, Entérobactéries, anaérobies. Ils sont généralement secondaires à

une lésion colique sous-jacente.

Flore intestinale E. coli, Enterococcus faecalis, Bacteroides fragilis, Clostridium perfringens, Bifidobacterium spp.

Flore bucco-pharyngée Streptococcus spp, Neisseria spp, Haemophilus spp, Staphylococcus aureus, Eikenella, Prevotella, Fusoacterium,

Peptostreptococcus, Actinomyces.

Flore vaginale Lactobacillus spp (flore dominante), Bifidobacterium spp, gardnerella, Ureaplasma, Mobiluncus, Prevotella, Porphyromonas asaccharolytica, Peptostreptococcus.

Peau Stapbylococcus spp, Propionibacterium acnes.

* Infections pelviennes (pyosalpinx, péritonites pelviennes) : germes des MST :

N. gonorrhoeae, C. trachomatis; bactéries de la flore vaginale : G. vaginales, P. bivia,

B. fragilis, Peptostreptococcus, Entérobactéries, streptocoques du groupe B et

M. hominis.

* Abcès prostatiques : ils sont secondaires à une urétrite ou à une métastase septique ou à

un cathétérisme urétral. Les bacilles à Gram négatif, en particulier E. coli, sont les plus

fréquemment isolés.

* Les infections ostéo-articulaires : les bactéries à isoler dépendent du contexte :

- Toxicomanies : S. aureus, Pseudomonas aeruginosa, Entérobactéries,

- Contact avec animal : Brucella, Pasteurella ,

- Post-chirurgicale ou post-traumatique : S. aureus, staphylocoques coagulase négative, bacilles à Gram négatif, P. acnes ;

- Secondaire à une infection contiguë : Streptocoques, S. aureus, bacilles à Gram négatif,

et bactéries anaérobies strictes.

* Les infections des tissus sous cutanés (cellulites, abcès localisés)

- post-traumatiques : Clostridium perfringens, autres Clostridium, bacilles à Gram négatif,

cocci à Gram positif ;

- après morsure : Pasteurella et anaérobies.

Les prélèvements sont d'origine très diverse. La mise en évidence des bactéries pathogènes dépend de la

localisation de la suppuration (proche ou non d'une flore commensale), du mode de prélèvement (seringue, biopsie) et du mode de transport.

* Le prélèvement se fait :

- soit à la seringue purgée d'air en évitant de lecontaminer par la flore commensale;

- soit lors d'une biopsie (os, tissus).

Le produit pathologique étant souvent polymicrobien, il est important d'éviter pendant le transport qu'une bactérie puisse se développer au détriment d'une autre.

Le produit pathologique est lui même un excellent milieu de transport, si la quantité prélevée à

la seringue est supérieure à 2 ml, et si le patient n'a pas reçu d'antibiotique .

Il faut utiliser un milieu de transport si la quantité prélevée est < à 2 ml, ou si le transport est différé.

Un bon milieu de transport doit protéger les bactèries anaérobies de l'oxygène de l'air, empêcher

la dessiccation du produit pathologique, et préserver la multiplication ultérieure des bactéries

aérobies ou anaérobies (cf chapitre anaérobies).

* L'examen direct après coloration de Gram permet d'apprécier l'importance des polynucléaires, l'aspect monomicrobien ou polymicrobien de la suppuration.

* La mise en culture nécessite l'utilisation de milieux spécifiques et l'incubation dans différentes atmosphères (aérobies anaérobie, C02) :

- gélose au sang, incubée en aérobiose, pour la recherche des germes aérobies;

- gélose au sang cuit + isovitalex, incubée sous C02, pour la culture des bactéries du groupe HACEK;

- gélose au sang désoxygénée et incubée en anaérobiose (cf chapitre anaérobies);

- un bouillon anaérobie.

A ces milieux, on peut ajouter des milieux spécifiques :

- gélose lactosée sélective (désOxycholate),incubée en aérobiose, pour la culture des différentes bactéries à Gram négatif;

- gélose Schaedler au sang et antibiotiques (néomycine 75 mg/1 et vancomycine 7,5 mg/1) pour les bacilles à Gram négatif anaérobies;

- gélose au sang + ANC ou Néomycine pour les bactéries à Gram positif anaérobies.

La durée de l'incubation est variable. Les cultures examinées après 24 et 48 h d'incubation. Dans contextes, l'incubation doit être prolongée.

L'identification et les antibiogrammes se limitent aux deux voire trois espèces prédominantes, au delà il

faut une confrontation bio-clinique est indispensable. Il faut conserver les isolements durant 3 jours

dans cette attente.

L'examen bactériologique des suppurations.

In Bactériologie Médicale pratique.

Medsi/Mc Graw Paris 1988.

SEDALLIAN A.

Les méthodes de transport des prélèvements patliologiques pour la mise en évidence des anaérobies.

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In : manuel de Bactériologie clinique. Vol 1, 2' édition J. Freney, F. Renaud, W. Hansen, C. Bollet

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