acide désoxyribonucléique (ADN). Type d'acide nucléique constituant le matériel génétique de tous les organismes cellulaires : polynucléotide composé de désoxyribonucléotides unis par des liaisons phosphodiesters. Le chromosome des bactéries est généralement formé d'un double brin d'ADN circulaire surenroulé. Cependant, certaines bactéries présentent d’autres structures génomiques : chromosome linéaire (Borrelia burgdorferi), chromosomes multiples (Brucella melitensis qui possède deux chromosomes circulaires).

acide ribonucléique (ARN). Type d'acide nucléique, polynucléotide composé de ribonucléotides unis par des liaisons phosphodiesters; on distingue : i) l'ARN messager (ARNm), responsable du transfert de l'information génétique de l'ADN au ribosomes qui assurent la synthèse des protéines; ii) l'ARN de transfert (ARNt), assurant le transport des acides aminés jusqu'au ribosomes; iii) l'ARN ribosomial (ARNr), intégrés dans la structure des ribosomes.

acido-alcoolo résistante. Bactérie qui sous l'action de l'acide-alcool ne se décolore pas après coloration par une substance comme la fuchsine basique (coloration de Ziehl).

acridine orange. C'est un fluorochrome (colorant fluorescent) qui peut s'intercaler dans l'acide nucléique natif et dénaturé.

addition. Une association d'antibiotiques est dite additive lorsque son effet en bactériostase ou en bactéricidie est égal à la somme des effets des deux antibiotiques pris isolément.

aérobie. Les bactéries aérobies ont besoin pour vivre de la présence d'oxygène (mécanisme respiratoire); on distingue : i) les bactéries aérobies strictes qui ne peuvent se développer qu'en présence d'air car elles ont obligatoirement besoin d'oxygène comme accepteur final d'électron (respiration); ii) les bactéries aéro-anaérobies facultatives qui sont capables de se développer en aérobiose (respiration) ou en anaérobiose (par métabolisme fermentatif); iii) les bactéries micro-aérophiles qui se développent mieux avec une tension réduite en oxygène. Voir anaérobie.

aérobiose. Conditions atmosphériques nécessaires pour le développement des bactéries aérobies.

Agar. Voir gélose.

amensalisme. Type d'interaction où une espèce est limitée dans son développement sans que l’autre en soit affectée.

anaérobie. Les bactéries anaérobies sont dépourvues du mécanisme de la respiration de l'oxygène et doivent produire leur énergie par fermentation; on distingue : i) les EOS (extremely oxygen sensitive) : ces bactéries ne tolèrent aucun contact avec l'oxygène; ii) les anaérobies strictes : pour ces bactéries, l'oxygène est toxique, mais à un moindre degré que pour les EOS; iii) les anaérobies aérotolérantes : ces bactéries peuvent se développer en présence d'oxygène atmosphérique, mais moins rapidement qu'en anaérobiose. Voir aérobie.

anaérobiose. Conditions atmosphériques nécessaires pour le développement des bactéries anaérobies.

antagonisme. 1) amensalisme. 2) Antibiotique : une association d'antibiotiques est dite antagoniste lorsque son effet en bactériostase ou en bactéricidie est inférieur à celui de l'antibiotique le plus actif.

antibiogramme. Technique d'étude de la sensibilité d'une souche bactérienne aux antibiotiques. Le résultat est exprimé de façon qualitative : il exprime une probabilité de succès pour une éventuelle thérapeutique (S : succès très probable, R : échec très probable, I : succès limité à certaines indications ou équiprobabilité de l'échec et du succès thérapeutique). Le terme reflète la notion d'antibiose qui peut s'appliquer à n'importe quelle catégorie d'êtres vivants.

antibiotique. Substance d'origine biologique, hémisynthétique ou de synthèse, utilisée pour le traitement des infections bactériennes (on parle de chimiothérapie anti-infectieuse). Les antibiotiques perturbent le métabolisme des bactéries.

antibiotype. 1) Ensemble des réactions d'une souche de micro-organismes, de virus ou de parasites vis-à-vis de substances antibiotiques ou antimétaboliques. 2) Identificateur d'une souche à l'intérieur d'une espèce ("typage"). Sur la base des réactions précédentes une souche de micro-organismes, de virus ou de parasites est affectée à un sous-ensemble.

antifongique. Substance d'origine biologique ou synthétique qui s'oppose au développement des mycètes inférieurs.

antifongigramme. Antibiogramme réalisé sur des mycètes inférieurs. Ce terme est à éviter car il est construit sur "antifongique" par homophonie avec "antibiotique" et en pensant qu'un antibiotique est uniquement antibactérien.

antigène. Substance étrangère à un organisme, telle que protéine, nucléoprotéine, polysaccharide et certains glycolipides, à laquelle les lymphocytes de l'organisme répondent ; le structure est dite immunogène quand elle induit une réponse immunitaire.

antigènes solubles. Ce sont des antigènes spécifiques d'une espèce bactérienne libérés dans les liquides biologiques où elle se développe. Ils sont de nature polysaccharidique et persistent dans les milieux biologiques même si les bactéries ne sont plus viables. Leur recherche dans ces milieux par des techniques immunologiques permet d'orienter le diagnostic.

antiseptique. Produit dont l'application sur une surface vivante réduit le nombre de micro-organismes (action bactéricide). L'activité, antiseptique fait l'objet d'une norme AFNOR.

antiseptie. Méthode concourant à la diminution du nombre de micro-organismes.

autoclave. Appareil qui stérilise les objets par de la vapeur d'eau sous pression (la température habituelle de l'autoclavage est de 121°C).

auxanogramme. Épreuve qui consiste à étudier l'effet sur la croissance d'un micro-organisme en milieu synthétique composé de divers substrats qui servent de sources uniques de carbone et d'énergie

bacille. Bactérie en forme de bâtonnet. Les morphologies bactériennes sont variées. Les cellules peuvent être courtes, pratiquement sphériques (cocci) ou allongées (bacilles). Les bacilles sont essentiellement des cylindres à extrémités hémisphériques mais on en connaît aussi à extrémités fines, pointues (formes en fuseau) ou au contraire planes (bacilles dits “à bouts carrés”). Certains corps bacillaires sont incurvés (Vibrio, Campylobacter) ou spiralés (Leptospira, Treponema).

bactérie. Les bactéries sont une forme originale de cellule dans le monde vivant. Elles se distinguent des cellules dites eucaryotes (comme celles des animaux, des plantes) par l'absence de sous-structures internes (absences des organites intracellulaires) et de noyau individualisé regroupant l'ADN cellulaire. D'autres différences portent sur la simplicité des organes liés à la mobilité (flagelles) et l'enveloppe de la cellule. Les bactéries sont capables de se développer dans un environnement adapté : elles effectuent pour leur compte les synthèses cellulaires nécessaires à leur croissance et à leur multiplication. Dans certains cas, les bactéries ont pour environnement cellulaire des cellules eucaryotes où elles se développent éventuellement en parasites. Le métabolisme des bactéries, même en cas de parasitisme strict, reste toujours largement indépendant de celui de l’hôte. Cette dernière caractéristique les distingue profondément des virus qui, parasites obligatoires, n’ont pas de synthèse propre.

bactérie émergente. Le comportement de l’Homme et ses activités peuvent influencer ses relations avec les bactéries en faisant émerger de “nouvelles” maladies bactériennes (“maladies bactériennes émergentes”) ou en faisant disparaître d’autres. L’émergence de nouvelles bactéries pathogènes peut être la conséquence de la rencontre imprévue de deux êtres vivants qui n’étaient pas destinés à se rencontrer du fait de leur appartenance à des niches écologiques trop éloignées ou différentes. Une autre raison de l'émergence est la modification des bactéries induite par des thérapeutiques (bactéries multirésistantes).

bactérie multirésistante. Se dit d’une souche bactérienne résistante à au moins deux familles d’antibiotiques.

bactéricidie. 1) Activité d'un antibiotique qui entraîne, au-delà d'une concentration seuil, l'apparition d'une mortalité bactérienne. 2) Etat d'une population bactérienne où la mortalité bactérienne est plus fréquente que la croissance bactérienne (diminution du nombre de cellules viables).Voir bactériostase.

bactériocine. Protéine produite par une souche bactérienne qui tue d’autres souches de bactéries, habituellement étroitement apparentées.

bactériolyse. Aptitude de certains antibiotiques bactéricides à lyser les bactéries. Certaines bactéries, à la suite d'une mutation, peuvent résister à la bactériolyse et sont désignées lyt-.

bactériophage. Les bactériophages sont des virus spécifiques des bactéries. Comme les virus des organismes supérieurs, ils peuvent entrer dans la cellule, s’y multiplier en exploitant les processus synthétiques et métaboliques, sortir de la bactérie en provoquant la lyse. L’emploi de cette lyse bactérienne d’origine virale en thérapeutique s’est révélé totalement impossible tant pour des problèmes d’efficacité que de résistance bactérienne et de réactions immunitaires adverses chez le malade traité. Certains de ces virus peuvent infecter les cellules puis s’intégrer dans le génome sous une forme stable et partiellement exprimée sous forme de protéines appelée prophage . Ces bactériophages sont dits bactériophages tempérés. Des stimuli physiques (UV) ou chimiques (mutagènes) peuvent lever la répression de leur développement. Le virus, s’exprimant à nouveau, lyse la bactérie hôte lors d’un cycle lytique. Cette propriété est dénommée lysogénie. Tous ces virus contiennent un seul type d'acide nucléique (ARN ou ADN) protégé par une capside protéique dont le rôle est aussi la fixation sur des récepteurs bactériens.

bactériostase. Ralentissement de la croissance bactérienne, pouvant aller jusqu'à l'arrêt de la croissance. Lorsque cette activité est maximale, le nombre de bactéries reste égal à celui de l'inoculum. Voir CMA, bactéricidie.

batterie de tests. (language parlé de laboratoire) .Ensemble des tests de même nature (biochimiques, immunologiques, sensibilité à des agents chimiothérapeutiques) dont l'emploi est coordonné ou simultané.

biofilms. Les biofilms sont des consortiums fonctionnels de cellules (bactériennes et/ou fongiques) enveloppées dans des matrices de polymères extracellulaires (glycocalyx). Certaines bactéries ne vivent que fixées à un support mais la plupart sont capables d’une vie libre dans un environnement liquide (vie planctonique). Ce sont ces bactéries libres qui sont cultivées au laboratoire.

biotechnologie. Technique, méthode ou procédé faisant appel au vivant dans le but de rendre possible, d’accélérer ou de faciliter la synthèse ou la transformation d’un produit donné.

biotype. Ensemble de caractères (physiologiques ou biochimiques) variant au sein d'une même espèce bactérienne et permettant une identification des souches à l'intérieur d'une même espèce. Ceci correspond donc à une subdivision de l'espèce.

boîte. 1) Boîte de Pétri : récipient circulaire, actuellement en matière transparente synthétique, recouvert par un couvercle de même forme et de dimension légèrement supérieure. 2) Par extension le contenu de la boîte de Pétri : colonies de micro-organismes. 3) En virologie, flacon parallélipipédique en matière transparente synthétique permettant la culture des cellules d'organismes supérieurs en vue de la multiplication des virus (boîte de Roux). 4) Par extension, le contenu d'une boîte: milieu de culture, cellules et virus.

capnophile. Bactérie qui se développe mieux dans une atmosphère enrichie en CO2.

capsule. Constituant le plus superficiel des bactéries. C’est un constituant inconstant de la bactérie. Constitué de polysaccharides acides (les sucres sont sous forme d’acides uroniques comme l’acide galacturonique, l’acide glucuronique, l’acide hyaluronique mais aussi sous forme de sucres phosphorés comme le ribitol-phosphate) ce composant est très lié à certains pouvoirs pathogènes car il empêche la phagocytose. Sa mise en évidence s’effectue par coloration négative (le colorant, encre de Chine ou Nigrosine est repoussé par la capsule et celle-ci apparaît en clair sur fond noir). La capsule n’est pas fixée solidement à la bactérie et peut se trouver à l’état soluble dans les liquides de l’organisme (emploi dans le diagnostic). La capsule intervient dans l’identification infra-spécifique ou typage qui est une des méthodes de reconnaissance des épidémies. Les polymères capsulaires purifiés sont la base de certains vaccins (Streptococcus pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Haemophilus influenzae). La production de capsule peut être altérée par les antibiotiques au même titre que d’autres composés cellulaires.

caractère biochimique. Dégradation ou modification d'un composé chimique par une bactérie ou un mycète inférieur, utilisée pour l'identification du micro-organisme. L’incubation d’une bactérie dans des milieux de culture dont la composition permet de mettre en évidence une activité physiologique (fermentation) ou enzymatique est largement utilisée pour identifier les bactéries. Un milieu type pour fermentation contient tout ce qui permet la croissance, dont un sucre et un indicateur coloré des changements de pH. La fermentation du sucre entraîne un abaissement du pH et donc un changement de couleur (virage) de l’indicateur coloré.

caractère physiologique. Réponse d'une bactérie ou un mycète inférieur à un ou des conditions physicochimiques, utilisée pour l'identification du micro-organisme.

catalase. Enzyme capable de décomposer l'eau oxygénée en entraînant un dégagement d'oxygène; caractère biochimique permettant l'identification des souches bactériennes.

chromosome. voir ADN

classification. Partition sur l'ensemble des bactéries, virus ou parasites. Il s'agit de regrouper en genres et espèces les micro-organismes.

CMA (Concentration Minimale Antibactérienne). Concentration d'antibiotique entraînant les premières modifications morphologiques ou physiologiques de la bactérie.

CMB (concentration minimale bactéricide). Concentration d'un produit antibiotique entraînant la mort d'un micro-organisme, d'un virus ou d'un parasite. Du fait de problèmes d'échantillonnage la mort n'est appréciée qu'avec une certaine incertitude. Cette CMB est obtenue pour un temps d'exposition donné et n'est donc pas une grandeur fixe. La tendance est à exprimer en fonction du temps. L'expression de la CMB n'a donc de sens qu'accompagnée d'un pourcentage d'efficacité et d'un temps: 99,99 % à 3 h, par exemple. Voir CMI.

CMI (concentration minimale inhibitrice). Dans le cas usuel des micro-organismes à croissance "rapide" (24 heures), elle correspond à la concentration provoquant l'absence de croissance d'une population initiale (inoculum) de quelques milliers de bactéries, détectable visuellement en 24 heures. Voir CMB.

coagulase. Enzyme qui induit la coagulation du sérum, produite de façon caractéristique par certaines espèces de staphylocoque.

cocci. Les morphologies bactériennes sont variées. Les cellules peuvent être courtes, pratiquement sphériques (cocci) ou un peu allongées (coccobacilles).

colonie. Ensemble de bactéries se développant sur une surface solide comme celle d'un milieu de culture gélosé, souvent visible à l'oeil nu mais pouvant aussi être microscopique. colonie. En théorie la colonie provient d'une seule cellule mère. L'accumulation des cellules au même point rend l'agrégat de cellules visible à l'oeil nu ou à la loupe. Une colonie dérivant d'une seule cellule a une bonne probabilité d'être formée de cellules génétiquement homogènes. Ce terme s'emploie pour bactéries, mycètes inférieurs et certains parasites.

coloration de Gram. Technique de coloration différentielle distinguant les bactéries à Gram positif des bactéries à Gram négatif sur la base de leur capacité à retenir le cristal violet, après décoloration par l’éthanol. Cette coloration est fondée sur l’action successive d’un colorant d’aniline (le cristal violet), d’iode puis d’un mélange d’alcool et d’acétone. Dans un premier temps, le colorant pénètre dans la paroi et le cytoplasme. Dans un second temps, l’iode réagit avec le colorant et le rend insoluble. La perméabilité plus grande des bactéries à Gram négatif à l'alcool permet la décoloration. Les bactéries à Gram positif restent colorées en mauve. Une contre-coloration (par exemple en rose) permet de visualiser à nouveau les corps cellulaires des bactéries à Gram négatif. L’intérêt de cette coloration est de donner une information rapide et médicalement importante, car le pouvoir pathogène et la sensibilité aux antibiotiques sont radicalement différents.

coloration différentielle. Technique de coloration permettant de classer les bactéries en groupes séparés selon leur aptitude a fixer ou non un ou des colorants (exemples : coloration de Gram ou de Ziehl).

coloration de Ziehl. Coloration spécifique des mycobactéries. Cette technique permet après coloration des acides nucléiques par l'a fuschine à chaud, décoloration par une solution acido-alcool et coloration par le bleu de méthylène, de mettre en évidence au microscope optique les mycobactéries (gardant une coloration rouge) présentes dans le milieu analysé.

coloration de Ziehl par l'acridine orange. Cette technique permet après coloration des acides nucléiques par l'acridine orange et décoloration par une solution acido-alcool, de mettre en évidence par fluorescence seulement les mycobactéries présentes dans le milieu analysé.

commensalisme. Etat d'une espèce bactérienne qui vit sur la peau, les muqueuses (y compris les muqueuses intestinales, respiratoires, sexuelles) sans nuire à l'hôte qui l'héberge.

communautaire. anglicisme. Une infection microbienne est dite communautaire quand elle est contractée en dehors d’une période d’hospitalisation. Cette définition inclut les infections existantes ou en incubation à l’entrée à l’hôpital.

compétition. Deux espèces en compétition ont un développement limité à cause d’une dépendance commune à un facteur limitant.

concentration dépendant. Se dit d'un antibiotique dont l'activité bactéricide, déterminée pendant la phase précoce, est fonction de la concentration. A forte concentration, l'influence du temps d'action de l'antibiotique est limitée. L'activité bactéricide concentration dépendante est le plus souvent rapide.

concentration inhibitrice fractionnaire (indice de). Rapport des concentrations inhibitrices obtenues pour un antibiotique lors de l'association avec un autre antibiotique à la CMI du germe à l'antibiotique pris isolément.

contage. Cause matérielle de la contagion: substances organiques telles que squames, exsudats, servant de vecteurs de micro-organismes.

contagion. Transmission d'une maladie d'un malade à un individu sain.

contaminant. 1) Souche de micro-organismes, de virus ou de parasites considérée comme non significative d'un processus infectieux. 2) A la surface d'une gélose ou d'un tube de culture, bactérie ou mycète dont l'isolement n'était pas attendu; il s'agit d'une présence fortuite, l'ensemencement accidentel étant dû à de mauvaises conditions techniques.

contamination. 1) Infection par des bactéries pathogènes, des virus ou des contages quelconques. 2) Introduction accidentelle de bactéries dans un milieu biologique pendant ou après le prélèvement.

croissance. En parlant de micro-organismes, c'est l'augmentation de la masse totale de cellules, et non l'augmentation de la taille ou de la complexité d'un organisme.

culture. 1) Action de propager à la surface d'un milieu nutritif, dans un milieu nutritif ou dans des cellules en culture, un virus, une bactérie, un mycète inférieur ou un parasite. 2) Le résultat de la propagation : il conviendrait de parler de souche, qui est le synonyme plus précis de culture pure.

culture pure. Population de cellules identiques, parce qu'issues d'une cellule unique.

décontamination. 1) Diminution de la quantité de bactéries présentes sur un objet inanimé à des niveaux jugés sans danger par les normes de la santé publique : habituellement l’objet est propre. 2) Terme utilisé pour la recherche de mycobactéries dans un produit biologique, où la décontamination du prélèvement avant mise en culture permettant d’éliminer les bactéries indésirables à croissance rapide.

dendrogramme. Diagramme arborescent utilisé pour résumer graphiquement les similitudes et les relations mutuelles entre les organismes.

densitomètre. Appareil permettant la détermination de la concentration bactérienne d'une suspension par la mesure de sa densité optique.

désinfectant. Produit dont l'application sur une surface inerte réduit le nombre de micro-organismes (action bactéricide).

désinfection. Abaissement du nombre de micro-organismes viables présents sur une surface vivante ou inerte à l'aide de produits chimiques. L'activité désinfectante d'un produit est définie par une norme (NF).

dominant. Antibiotique qui, dans une association, impose son type d'activité bactéricide. L'antibiotique dominant peut être de type temps dépendant ou concentration dépendant. Lorsque l'antibiotique dominant est moins bactéricide que l'antibiotique associé, il y a antagonisme.

dysgonie. On parle de croissance dysgonique pour les mycobactéries dont la croissance est limitée. Voir eugonie.

échantillon biologique. Fragment d'un organisme prélevé pour permettre la caractérisation d'une infection.

écologie microbienne. Etude des micro-organismes dans leur environnement naturel.

écosystème. Ensemble formé par un environnement donné et les êtres vivants qui y prospèrent.

écouvillon. Tampon de matériel absorbant habituellement enroulé à l’extrémité d’une petite tige et utilisé pour des applications médicales ou pour enlever du matériel d’une surface (prélèvements biologiques).

effet Eagle. L'activité bactéricide d'un antibiotique varie de façon non proportionnelle à la concentration. L'activité nulle de très faibles concentrations est remplacée par une activité détectable puis par une activité minime ou absente.

électrophorèse. Technique séparant les substances sur la base de leur différentes vitesses de migration dans un champ électrique en raison des variations du nombre et du type de groupements chargés électriquement qu’elles présentent.

Elek (test). Immunodiffusion en gélose permettant de détecter la toxine produite in situ par Corynebacterium diphtheriae.

ELISA. (Enzyme Linked Immunosorbent Assay) technique de détection ou de dosage immunoenzymatique où la réaction antigène-anticorps est révélée par l'action d'une enzyme (couplée à l'anticorps ou l'antigène) sur un substrat chromogène.

endotoxine. Le constituant essentiel de la paroi des bacilles à coloration de Gram négative est un lipide complexe couplé à la glucosamine et à des résidus phosphore, le lipide A. Le lipide A est ainsi amphiphile (possédant une partie hydrophobe et une partie hydrophile) ; cette propriété est essentielle au pouvoir toxique lié à la membrane externe et au lipide A en particulier : il y a pratiquement analogie entre les appellations “endotoxine”, “lipide A” et “membrane externe”. Le composant essentiel de l’endotoxine est donc le lipopolysaccharide. Au cours des septicémies à bactéries à Gram négatif, ce dernier est libéré par la lyse bactérienne consécutive à la réponse immunitaire ou à un traitement antibiotique. Il va se fixer ensuite sur des récepteurs membranaires et être internalisé par endocytose par la cellule. Le choc endotoxinique est commun à toutes les bactéries à Gram négatif. Il est marqué par : i) la fièvre due à la libération de molécules pyrogènes par les cellules ayant capté le lipopolysaccharide ; ii) des troubles de la coagulation dues à l’activation du facteur XII, déclenchant la formation de fibrine, qui obstrue les capillaires sanguins et secondairement conduit à une hypocoagulabilité par consommation des facteurs de coagulation et par là à des hémorragies : c’est la coagulation intraveineuse disséminée ou CIVD ; iii) un collapsus vasculaire secondaire à une vasodilatation périphérique, consécutive à la libération par les plaquettes et les polynucléaires d’amines vasoactives ; ceci induit une séquestration périphérique du sang, une fuite liquidienne vers le compartiment extracellulaire et donc une hypovolémie, et une acidose métabolique par anoxie tissulaire. Ces différents troubles vont entraîner des lésions de divers organes, par hémorragie ou nécrose (surrénales, reins, poumons, cerveau). Le pronostic du choc endotoxinique reste très sévère.

ensemmencement "au râteau". Technique quantitative d’ensemencement d’un milieu biologique: un volume défini de prélèvement (préalablement dilué) est déposé au centre d'une gélose et étalé, avec un instrument en forme de râteau sans dents, de façon homogène. Le dénombrement des colonies donne la concentration bactérienne du prélèvement initial et permet l'isolement bactériologique.

ensemencement orthogonal. Technique d’isolement par épuisement (voir ce mot) de micro-organismes contenus dans un produit biologique à l’aide de trois séries de stries ; les stries sont faites avec une öse sur une moitié puis un quart de la gélose nutritive stérile en tournant la boîte d’un quart de tour à chaque série.

espèce (bactérienne). D'une façon générale, ensemble des individus présentant des similitudes génétiques et/ou physiologiques. On appelle "espèce" une souche dite "souche-type", physiquement déposée dans une collection internationale de souches, et toutes les souches qui lui ressemblent suffisamment. Cette ressemblance sera définie par l'utilisation à la fois de critères phénotypiques (taxinomie numérique, taxinomie génomique) et de critères fondés sur la relation évolutive

enzyme. Protéine catalytique spécifique de la réaction catalysée et d'un/des substrats.

épidémiologie. Etude des facteurs déterminants et influençant la fréquence et la distribution d'une maladie, d'une lésion ou d'autres événements relatifs à la santé, ainsi que l'étude de leurs causes dans une population humaine définie.

E-test. Technique de détermination de la CMI basée sur l'utilisation de bandelettes imprégnées d'un gradient exponentiel prédéfini d'un antibiotique ; cette technique associe les caractéristiques des méthodes de diffusion et de dilution en milieu gélosé.

étuve. Enceinte dont la température et éventuellement l'atmosphère sont régulées et permettant la culture des germes.

eugonie. On parle de croissance eugonique pour les mycobactéries dont la croissance est luxuriante. Voir dysgonie.

facteur de croissance. Composé organique non synthétisé par l'organisme et indispensable à sa croissance.

FBC (Fractional Bactericidal Concentration, Indice CMB Fractionnaire) . Cet indice décrit les interactions, en termes de bactéricidie, entre deux antibiotiques agissant sur une même population bactérienne. Le calcul et l'interprétation sont ceux du FIC, le terme CMI étant remplacé par CMB. Le FBC varie donc avec le pourcentage de bactéricidie choisi pour définir la CMB.

fermentation. Réaction productrice d’énergie dans laquelle les molécules organiques servent à la fois de donneurs et d’accepteurs d’électrons. La fermentation s'accompagne souvent d'un abaissement du pH (acidification).

FIC (Fractional Inhibitory Index, Indice CMI Fractionnaire). voir concentration inhibitrice fractionnaire (indice de).

fil droit. Fil de métal fin porté par un manche et permettant de prélever des fragments de colonies de micro-organismes.

flore banale. Se dit d’un ensemble de micro-organismes normalement associés à l’écosystème (tissu ou structure particulière) analysé.

flore dominante. Ce terme défini sur un milieu de culture ensemencé par un prélèvement biologique, l’espèce bactérienne majoritaire. Voir flore monomorphe.

flore mixte. On parle de flore mixte quand il y a présence sur la culture d'espèces bactériennes d'aspect morphologique et/ou tinctoriaux différents.

flore monomorphe. On parle de flore monomorphe quand il y a présence sur la culture d'une seule morphologie bactérienne. Voir flore dominante.

fluorochorme. Colorant émettant une lumière visible d'une longueur d'onde (couleur) spécifique lorsqu'il est exposé à une lumière ultraviolette de longueur d'onde donnée.

fréquence de mutation. Nombre de mutants présents dans une population donnée, rapporté à la taille de la population. Voir taux de mutation

galerie. Se dit d'un ensemble de tests destinée à l'identification d'une souche bactérienne.

GBEA. Guide de bonne exécution des analyses de biologie médicale. Annexe de l'arrêté du 2 novembre 1994 relatif à la bonne exécution des analyses de biologie médicale (JO du 4/12/94).

gélose. 1) Agent gélifiant produit à partir d'algues. 2) Milieu de culture contenant de la gélose comme agent gélifiant. Syn : agar-agar, agar.

gélose inclinée ou gélose (en) pente. Tube de verre où s'est solidifié un milieu gélosé stérile alors que le tube était incliné. La gélose forme un coin.

gène. Séquence d’acides nucléiques de type ADN pour les bactéries et les mycètes inférieurs, support de l'information génétique.

génome. Ensemble des gènes d'un organisme.

germe potentiellement pathogène. Germe susceptible d’entraîner une infection. Sa présence au site de prélèvement est anormale.

genre. En taxonomie, ensemble d'espèces présentant des similitudes génétiques et/ou physiologiques.

glycocalyx. Ce sont des fibres polysaccharidiques entourant la bactérie. Ces polymères sont extrêmement fréquents. On les observe difficilement au microscope électronique. Le feutrage des fibres de glycocalyx est constant dans le cas de bactéries vivant en biofilm dans les conditions naturelles (environnement ou pouvoir pathogène). Le glycocalyx est responsable de l’attachement des bactéries aux cellules (cellules buccales, respiratoires) ou à des supports inertes (plaque dentaire sur l’émail dentaire, biofilms sur les cathéters, les instruments et les prothèses dans le cas de bactéries d’intérêt médical). Le glycocalyx protège les bactéries du biofilm de la dessiccation, sert à concentrer ou modifier les éléments nutritifs exogènes et rend les bactéries résistantes à l’action des antiseptiques, désinfectants et antibiotiques. Certaines structures de cette couche externe des bactéries sont plus grosses, protéiques, fibrillaires et rigides (fimbriae ou pili), elles permettent l'attachement spécifique des bactéries sur les cellules qui semble une phase essentielle dans certains pouvoirs pathogènes (Escherichia coli de certaines infections urinaires). Des virus bactériens ou bactériophages peuvent infecter la bactérie après fixation sur les pili.

halophile. Micro-organisme exigeant des concentrations élevées en chlorure de sodium pour sa croissance.

hémolyse. Destruction des globules rouges par éclatement et libération de leur hémoglobine. Plusieurs types d’hémolyse s’observent lorsque des bactéries comme les streptocoques et les staphylocoques se développent sur une gélose au sang.

hémolysine. Enzyme ou toxine dont l'action est, entre autres, la destruction des globules rouges par éclatement avec libération de leur hémoglobine.

hémolyse alpha. Zone floue et verdâtre d'hémolyse partielle des hématies autour d'une colonie bactérienne qui libère des agents hémolytiques dans la gélose (ex : les streptocoques oraux).

hémolyse bêta. Zone claire d'hémolyse totale des hématies autour d'une colonie bactérienne qui libère une hémolysine dans la gélose (ex : Streptococcus pyogenes).

hémolytique. Caractère d'un micro-organisme correspondant à la présence d'une hémolysine.

hotte de sécurité biologique. Enceinte de travail, maintenue stérile dans le but d'empêcher une contamination du prélèvement traité par des micro-organismes et/ou de protéger le manipulateur.

hybridation d’acides nucléiques. Formation d’une structure bicaténaire à partir d'un mélange chauffé de séquences d'acides nucléiques simples brins; dans la mesure où les séquences ont un pourcentage de complémentarité élevé, des hybrides stables seront formés.

iatrogène. Qui est provoqué par le médecin.

identification. Action d'identifier un micro-organisme. Ceci consiste à l'affecter à une espèce donnée sur la base de diverses propriétés partagées par les membres de l'espèce. Ne peuvent donc être identifiés que les membres des espèces déjà reconnues et individualisées par des méthodes taxonomiques.

indice de contamination. Calcul qui permet d’évaluer le degré de contamination d’un prélèvement biologique en fonction de sa cytologie et de la variété des bactéries présentes à l’examen direct.

infection nosocomiale. Voir nosocomial.

indifférence. Effet d'une association d'antibiotiques (bactériostatique ou bactéricide) qui reste analogue à l'effet de l'antibiotique ayant la plus forte activité

isobologramme. Représentation graphique des résultats de l'étude de l'interaction entre deux antibiotiques sur une bactérie.

isolement (bactériologique) . 1) Action de cultiver à partir d'un écosystème donné un micro-organisme sous une forme exempte de contaminant. 2) Le résultat de cette action: il vaudrait mieux parler de culture pure ou de souche. Isoler des bactéries consiste à obtenir un clone à partir d’un mélange de cellules bactériennes, d’un produit pathologique ou de l'environnement. Chaque colonie, si elle est suffisamment éloignée de ses voisines, constitue un clone, ensemble d’individus bactériens issus de la croissance d’une seule cellule bactérienne. L'isolement habituel est l'isolement par épuisement. L’isolement de clones lors d’une culture en milieu liquide est possible par dilution mais plus difficile et très peu employé.isolement.

isolement par épuisement. Méthode d'isolement bactériologique. Les clones sont aisément obtenus par ensemencement d’une surface de milieu gélosé à l’aide d’une pipette Pasteur (tube de verre stérile effilé à la flamme) qui permet de prélever l’inoculum, c’est à dire le matériel contenant les bactéries (produit pathologique ou culture antérieurement réalisée) et d’en assurer la dispersion sur la surface par frottement de la pointe de verre à la surface du milieu. Si des précautions sont prises afin d’éviter la dispersion sur une surface déjà ensemencée, la densité des bactéries déposées sur le milieu est exponentiellement décroissante avec la surface de dispersion. En fin de zone de dispersion les cellules sont isolées les unes des autres par une distance suffisante pour obtenir, après incubation à 37°C par exemple, des colonies-clones.

lipopolysaccharide (LPS). Molécule formée de lipides et de polysaccharides, constituant important de la membrane externe des bactéries à Gram négatif.

lysogène. Bactérie porteuse d’un bactériophage de façon cryptique (on parle de "prophages") et capable de produire des bactériophages dans les conditions appropriées.

lysotypie. 1) Technique d'identification des bactéries, au sein d'une même espèce, en fonction de leur sensibilité aux différents bactériophages. 2) Identificateur à l'intérieur d'une espèce : sur la base précédente une souche bactérienne est affectée à un sous-ensemble de l'espèce.

membrane filtrante. Membrane mince de cellulose ou de polymères synthétiques, ayant les pores de taille déterminée, utilisée pour retenir des micro-organismes.

mésophile. Micro-organisme ayant un optimum de croissance entre 20 et 45°C.

microaérophilie. Micro-organisme exigeant des quantités réduites (de 2 à 10%) d’oxygène pour sa croissance; une teneur atmosphérique normale en oxygène l’endommage.

microscope à contraste de phase. Microscope convertissant de faibles différences d’indice de réfraction (par exemple différences de densité cellulaire) en différences observables d’intensités lumineuses. L'objet observé apparaît contrasté sur fond clair.

microscope à fluorescence. Microscope où l’échantillon est exposé à une lumière ayant une longueur d’onde spécifique qui permet la formation d’une image par la lumière fluorescente émise. Habituellement, l’échantillon est coloré au moyen d’une substance fluorescente ou fluorochrome.

microscope à fond noir. Microscope où l’échantillon est fortement éclairé tandis que le fond est noir.

milieu de culture. Mélange de substances utilisées comme nutriments pour la croissance et la multiplication des micro-organismes. Un milieu de culture est composé d’un mélange de substrats nutritifs (acides aminés, peptides, bases nucléiques, sucres, etc.), d’un système tampon évitant les variations trop importantes de pH, de sels minéraux et de vitamines. Les milieux de culture doivent être débarrassés des bactéries éventuellement présentes dans les ingrédients qui le composent ou dans les récipients qui le contiennent par stérilisation (habituellement à l’autoclave en atmosphère de vapeur d’eau chauffée à 120°C pendant 20 minutes). Diverses adjonctions peuvent être faites pour favoriser ou permettre la croissance de bactéries exigeant des “facteurs de croissance” (vitamines, protéines, hémoglobine, etc.) Les milieux complémentés les plus utilisés sont les milieux au sang (mouton ou cheval). Placée dans ce milieu correspondant à ses besoins nutritifs, une population bactérienne peut réaliser ses synthèses de façon harmonieuse ; ceci se traduit par un accroissement pondéral de tous les constituants cellulaires (augmentation de la biomasse) et parallèlement du nombre de cellules. L’augmentation de la biomasse se traduit dans un milieu liquide par l’apparition d’une turbidité visible à l’œil nu ou, dans le cas d’un milieu rendu solide par adjonction d’un gélifiant tel que la gélose, par l’apparition d’une accumulation de bactéries autour des bactéries initialement déposées à la surface du milieu (“colonie” bactérienne).

milieu différentiel. Milieu de culture permettant la distinction entre des groupes de micro-organismes sur la base de caractéristiques biologiques différentes.

milieu électif. Milieu de culture qui favorise la croissance de micro-organismes particuliers en limitant celle de micro-organismes indésirables ou en avantageant seulement celle des micro-organismes recherchés.

milieu sélectif. Milieu de culture qui favorise la croissance de micro-organismes particuliers en excluant celle des autres micro-organismes.

mort. Dans le cas d'un micro-organisme, virus ou parasite, état dans lequel une cellule de micro-organisme est incapable de répliquer son matériel génétique.

mutagène. Agent physique ou chimique causant des mutations.

mutant. Individu résultant d'une mutation. Le standard de référence est la condition "sauvage", c'est à dire l'état des organismes tels qu'ils sont trouvés dans la nature ou choisis arbitrairement, tout individu porteur d'une variation héritable de cet état est un mutant. Organisme qui a subi une mutation.

mutation. Tout changement détectable et héritable du matériel génétique. La mutation est transmise aux cellules filles et aux générations suivantes générant des cellules mutantes ou des individus mutants. D’un point de vue moléculaire la mutation correspond à une modification de la séquence des nucléotides d'un gène bactérien (séquence d’ADN). Un changement de la séquence des nucléotides modifie le produit du gène correspondant selon le principe de colinéarité entre ADN et protéines.

mutualisme ou symbiose. Interaction entre deux espèces dont chacune bénéficie de la relation qui est indispensable. On emploie aussi le terme de symbiose.

neutralisme ou saprophytisme. Interaction entre deux espèces où aucune espèce n’affecte l’autre. On emploie aussi le terme de saprophytisme.

nosocomial. Relatif aux hôpitaux ex : infection nosocomiale, infection acquise à l'hôpital. Une définition à visée épidémiologique du terme " infection nosocomiale "existe par ailleurs, très extensive, elle est uniquement destinée à la surveillance épidémiologique ; les critères de définition répondent au cahier des charges suivant : i) ils doivent être simples et facilement utilisables par des personnels ayant des niveaux de formation différents; ii) ils doivent être le plus objectifs possible, et de ce fait, reproductibles lorsqu'ils sont utilisés par des observateurs différents ; iii) ils doivent avoir une validité suffisante pour classer correctement les patients, dans la plupart des cas. Son emploi est limité à la surveillance standardisée de routine de l'hôpital : " Une infection est dite nosocomiale si elle était absente à l'admission à l'hôpital. Ce critère est applicable à toutes infections. Lorsque la situation précise à l'admission n'est pas connue, un délai d'au moins 48 h après l'admission (ou un délai supérieur à la période d'incubation lorsque celle-ci est connue) est communément accepté pour séparer une infection d'acquisition communautaire d'une infection nosocomiale. Toutefois, il est recommandé d'apprécier dans chaque cas douteux la plausibilité du lien causal entre hospitalisation et infection. Pour les infections de la plaie opératoire, on accepte comme nosocomiales les infections survenues dans les 30 jours suivant l'intervention, ou -s'il y a mise en place d'une prothèse ou d'un implant- dans l'année qui suit l'intervention."

nomenclature bactérienne. Le nom donné à une bactérie suit toujours les propositions de Linné. Le premier mot, en italique et commençant par une majuscule, correspond au genre. Le deuxième, également en italique est grammaticalement un adjectif, s’écrit sans majuscule, et définit l'espèce : Escherichia coli, Mycobacterium tuberculosis, Listeria monocytogenes, etc. À coté du nom scientifique, une appellation vernaculaire peut subsister dans l’usage courant, ainsi Escherichia coli est aussi connu (dans la langue parlée) sous le nom de "colibacille". En règle générale le nom scientifique doit être employé car lui seul est défini sans ambiguïté. Actuellement, seuls ces deux niveaux taxinomiques sont retenus, mais c'est surtout la définition de l'espèce qui fait l'objet de recommandations précises du "Code International de Nomenclature des Bactéries".

öse ou anse. (de l'allemand öse, subst. fém. ; anneau). Anneau de métal ou de matière synthétique, habituellement d'un diamètre de 5 mm, fixé au bout d'une tige portée par un manche. L'öse permet le transfert de colonies ou de liquides. Dans ce dernier cas l'eau et les liquides aqueux sont retenus par capillarité dans l'anneau. Pour un même liquide, le volume retenu est constant.

paillasse. Plan de travail d’un laboratoire d’analyse ou de recherche.

parasitisme. Le parasitisme est une prédation obligatoire.

paroi. C’est l’enveloppe rigide qui assure l’intégrité de la cellule bactérienne et qui est responsable de la forme des cellules. Elle protège la bactérie des variations de pression osmotique. Elle n’est absente que chez les Mollicutes. En dehors de bactéries halophiles ou thermophiles (Archaea), la partie commune à toutes les parois bactériennes est le peptidoglycane (c’est le cas pour toutes les bactéries de l’environnement humain).

pastette^®. Pipette souple en plastique graduée à usage unique (qui peut être stérile); la poire servant à aspirer le liquide est un prolongement de la pipette.

pathogène. Se dit d'un organisme ou d'une substance causant une maladie.

PCR. Voir polymérisation en chaîne.

pipette Pasteur. Tube de verre d'un diamètre de 5 à 7 mm bouché à une extrémité par du coton cardé et effilé du côté opposé. Elle peut être ouverte du côté effilé (prélèvement de liquides) ou fermée (boutonnée). Une poire doit servir à aspirer le liquide si elle est utilisée ouverte. Pour l'ensemmencement orthogonal, la pointe est fermée et terminée par un bouton de verre (pipette Pasteur boutonnée).

phénomène de zone. Phénomène paradoxal initialement observé en immunologie. Pour les antibiotiques l'activité mesurée (bactériostase ou bactéricidie) varie de façon non proportionnelle à la concentration. L'activité nulle de très faibles concentrations est remplacée par une activité détectable puis par une activité minime ou absente. A de fortes concentrations l'activité redevient plus forte.

phénotype. Ensemble des caractères d'un micro-organisme observables par l’expérimentateur.

photochromogène. Terme utilisé pour les espèces de mycobactéries qui produisent un pigment après exposition à la lumière, mais qui restent de couleur beige à l'obscurité. Voir scotochromogène.

plasmide. ADN bicaténaire, circulaire, pouvant exister et se répliquer indépendamment du chromosome bactérien ou y être intégrée. Un plasmide est transmis aux cellules filles de manière stable, mais n’est requis ni pour la croissance ni pour la reproduction bactérienne.

pouvoir bactéricide. Technique permettant d'apprécier l'effet de composés antibactériens présents dans un liquide biologique sur la vitalité de cellules bactériennes. Habituellement il s'agit de l'étude de l'effet du sérum d'un malade sur la souche responsable de l'infection. Le résultat comporte la dilution la plus grande du liquide biologique donnant une bactériostase et celle donnant une bactéricidie avec éventuellement une relation avec la durée de l'expérience.

prédation. Dans la prédation, y a développement d’une des deux espèces vivantes aux dépens de l’autre. Le parasitisme est une prédation obligatoire.

prélèvement. En microbiologie, acte permettant l'obtention d'un échantillon biologique.

primoculture. Culture initiale d'un micro-organisme, d'un virus ou d'un parasite. S'emploie aussi pour les cellules eucaryotes en culture.

protocoopération. Mode d'interaction où deux espèces bactériennes bénéficient de l'interaction qui n'est pas indispensable.

psychrophile. Micro-organisme ayant une bonne croissance à 0°C, un optimum de croissance à 15°C ou moins, et un maximum à environ 20°C.

psychrotrophe. Micro-organisme pouvant se développer à des températures basses (inférieures à 5°C) tout en ayant un optimum de croissance supérieur à 15°C.

pulsotype. Marqueur épidémiologique du génotype caractéristique d'une souche bactérienne, déterminé par électrophorèse en champs pulsés.

réaction d’agglutination. Formation d’un complexe immun insoluble par le pontage de cellules ou de particules par les anticorps.

réaction de polymérisation en chaîne (technique de PCR). Amplification d’une séquence donnée d’ADN par des cycles de dénaturation, d’hybridation en présence d’amorces ADN bordant la séquence ciblée, et de polymérisation.

rebond. Ellipse de "phénomène de rebond". Terme du langage parlé de laboratoire exprimant le fait qu'une bactérie, après avoir présenté une bactéricidie induite par un antibiotique (chute du nombre de bactéries) se remet à croître jusqu'à dépasser la population initiale. La tendance est de réserver son emploi lors d'une décroissance de durée brève (quelques heures).

recroissance. Phénomène identique au phénomène de rebond. La tendance est de l'employer quand la bactéricidie s'est prolongée au delà de la phase précoce (4-6 heures).

repiquage. 1) Action qui consiste à repiquer des cellules bactériennes, fongiques ou parasitaires d'un milieu dans un autre. 2) Par extension le résultat de ce transfert, la plupart du temps des colonies d'un seul type génétiquement homogène.

repiquer. Transférer des cellules bactériennes, fongiques ou parasitaires d'un milieu de culture dans un autre. Habituellement, ce terme sous-entend que le milieu initial ne permet plus la croissance des bactéries et que l'on transfère des cellules génétiquement homogènes.

résistance aux antibiotiques. Les souches dites résistantes aux antibiotiques sont celles pour lesquelles il existe une forte probabilité d'échec thérapeutique quel que soit le type de traitement. Voir sensibilité et sensibilité intermédiaire aux antibiotiques.

résistance acquise. La résistance à un antibiotique d'une souche bactérienne appartenant à une espèce habituellement sensible à cet antibiotique peut être acquise par une modification du capital génétique de la souche. Cette modification peut être soit une mutation chromosomique, soit l'acquisition de plasmides de résistance.

résistance chromosomique. La résistance d'une souche bactérienne donnée à un antibiotique peut être acquise par mutation d'un gène intéressant le mécanisme d'action de l'antibiotique. Ce phénomène rare, spontané, se fait au hasard, est stable et héréditaire. La résistance n'est pas transmise aux bactéries en dehors de la descendance.

résistance croisée. C'est la résistance, par le même mécanisme, d'une souche bactérienne à deux ou plusieurs antibiotiques d'une même famille.

résistance associée. C’est la résistance d’une souche bactérienne à au moins deux antibiotiques différents, appartenant à des familles différentes, par des mécanismes indépendants dont leur présence concomitante chez la bactérie est de fréquence élevée.

résistance à la méticilline. S'emploie pour les souches de Staphylocoques résistantes à toutes les bêta-lactamines (dont les pénicillines). Historiquement la méticilline (qui n'est plus employée actuellement) permettait sa détection. Elle est dite hétérogène car dans les conditions de cultures usuelles, seule une partie de la population bactérienne d'une souche de S. aureus résistante est capable d'exprimer sa résistance aux bêta-lactamines.

résistance naturelle. C'est un caractère de résistance pour une famille d'antibiotique, inné et présent chez toutes les souches appartenant à la même espèce bactérienne.

résistance plasmidique. Résistance due à la présence d'un plasmide dans la bactérie. Dans une même bactérie, il peut y avoir plusieurs plasmides différents et plusieurs copies d'un même plasmide. Cette résistance est transmise aux bactéries filles, mais n'est pas définitive.

ribosome. Organite de traduction du message génétique transmis par l'ARNm au cours de la synthèse protéique.

ribotype. Caractère génétique (lié à la structure de l'ARN ribosomal) qui permet la l'identification d’une souche bactérienne à une espèce donnée et éventuellement l'identification infra-spécifique.

ribotypie. Méthode d'identification infra-spécifique utilisée pour caractériser une souche bactérienne sur la base du polymorphisme de son ARN ribosomal. Elle est utilisée dans le cadre de la taxinomie mais aussi pour des études épidémiologiques.

saprophyte. Nom donné historiquement aux micro-organismes qui se développent aux dépends des matières organiques en décomposition. Bactéries vivant en symbiose avec d'autres êtres vivants.

scotochromogène. Terme utilisé pour les espèces de mycobactéries qui donnent des colonies pigmentées même en l'absence d'exposition à la lumière. Voir photochromogène.

sensibilité. Aptitude d'une méthode à différencier les réponses fournies par deux échantillons de concentration voisine.

sensibilité aux antibiotiques. Les souches sensibles sont celles pour lesquelles la probabilité de succès thérapeutique est acceptable dans le cas d'un traitement par voie systémique avec la posologie recommandée. Voir résistance et sensibilité intermédiaire aux antibiotiques.

sensibilité intermédiaire aux antibiotiques. Les souches intermédiaires sont celles pour lesquelles le succès thérapeutique est imprévisible. Ces souches forment un ensemble hétérogène pour lequel la seule valeur de la CMI n'est pas prédictive de succès thérapeutique.Voir résistance et sensibilité aux antibiotiques.

Sereny (test de). Recherche de l'envahissement par une bactérie du tissu cornéen.

sérologie. 1) Branche de l’immunologie concernée par l'étude des sérums, de leurs propriétés et de leurs applications. 2) Techniques de réactions in vitro faisant intervenir un ou plusieurs constituants du sérum (ex: les anticorps ou le complément).

sérothèque. Collection des sérums des patients d'un laboratoire. S'emploie également dans le cas des sérums de référence utilisés pour typer les micro-organismes, virus ou parasites.

sérotypage. Technique ou procédé sérologique qui est utilisé pour distinguer des souches de micro-organismes (sérotypes ou sérovar) présentant des différences dans la composition antigénique d’une structure ou d’un produit.

sérovar ou sérotype. 1) Ensemble des réactions immunologiques observées pour une souche de micro-organismes, de virus ou de parasites. 2) Identificateur dans une espèce : sur la base des réactions immunologiques observées, une souche de microorganismes, de virus ou de parasites est affectée à un sous-ensemble de l'espèce.

sonde. Fragment d’acide nucléique marqué, qui s’hybride avec des fragments d’ADN complémentaires et qui sert à les localiser et à les isoler dans un mélange.

souche. Groupe d’individus en principe génétiquement homogènes (clones).

souchothèque. Collection de micro-organismes, de virus ou de parasites maintenus en survie (biothèque). Ce terme est synonyme de collection de micro-organismes, de virus ou de parasites. Il n'est employé que pour différencier les collections présentes dans un même laboratoire.

spatule. Fil de métal porté par un manche et dont l'extrémité martelée a pris une forme évasée. La spatule sert à prélever des fragments de colonies ou les parties d'un organe à soumettre à examen.

species (sp). Terme utilisé pour préciser qu'on a identifié une souche jusqu'au niveau du genre seulement et qu'elle peut appartenir à n'importe quelle espèce du genre (ex : Staphylococcus sp = species).

species nova (sp nov). Locution employée pour désigner une espèce nouvellement créée.

species (spp). Terme employé pour désigner l'ensemble des espèces d'un genre (ex : Staphylococcus spp = species plurial).

spécificité. La spécificité d'un dosage est son aptitude à mesurer l'analyte désiré et seulement celui-ci, même si des substances de structure proche se trouvent en quantité importante dans l'échantillon.

spirochète. Bactérie en forme de spirale flexible, avec des flagelles placés à l'intérieur du périplasme.

spore. Certaines bactéries, entre autres d’intérêt médical (genre Clostridium et Bacillus), ont la propriété de se différencier en formes de survie appelées spores. Les spores sont très résistantes à la température (plusieurs heures à 100°C), aux rayonnements, aux agents chimiques (antiseptiques, désinfectants) et au temps (survie atteignant plusieurs siècles). Métaboliquement inactives, les spores résistent naturellement aux antibiotiques.

stérile. Dépourvu de toute forme de vie (mais pouvant contenir des cellules mortes de micro-organismes ou leur DNA).

stérilisation. Destruction des micro-organismes qui existent à la surface ou dans l'épaisseur d'un objet quelconque (instrument, vêtement...), par des moyens physiques (chaleur sèche ou humide, irradiation) ou chimiques (antiseptiques).

stress bactérien. Toute variation des paramètres physico-chimiques (température, acidité, concentration en sel etc.) de l'environnment des microorganismes capable d'affecter leur survie à court et à long terme.

subculture. Culture obtenue après un isolement ou une culture précédente. La subculture peut être celle d'un micro-organisme, d'un virus ou d'un parasite mais aussi celle de cellules eucaryotes.

substrat. Substance sur laquelle agit une enzyme ou que consomme une bactérie.

survivant. Bactérie capable de se multiplier après avoir été exposée à une concentration bactéricide d'antibiotique. Le survivant est génétiquement identique à la cellule parentale.

synergie. Effet d'une association d'antibiotique (bactériostase ou en bactéricidie) qui apparaît supérieur à celui prévisible par la simple addition des effets de chacun des antibiotiques isolés.

système binominal. Système de nomenclature dans lequel un micro-organisme reçoit deux noms: le premier avec une majuscule est le nom de genre, le second sans majuscule est le nom d'espèce.

taux de croissance. On mesure la rapidité de croissance par le temps mis pour une bactérie pour se diviser (temps de génération), qui est aussi le temps que met une population bactérienne pour doubler (temps de doublement). Le taux de croissance correspond à l’inverse d’un temps de génération.

taux de mutation. Probabilité de survenue d'une mutation au cours d'une génération bactérienne.

taxinomie (ou taxonomie). Science de la classification biologique, comprenant trois parties : classification, nomenclature et identification.

taxinomie numérique (ou taxonomie numérique). Groupement des unités taxinomiques par des méthodes statistiques en taxons sur la base des états de leur caractères.

taxon. Groupe dans lequel des organismes apparentés sont classés.

temps dépendant. Se dit de l'activité bactéricide d'un antibiotique qui, déterminée pendant la phase précoce, est très influencée par le temps d'action. Elle augmente peu ou pas avec la concentration d'antibiotique dès lors que celle-ci est bactéricide. L'activité bactéricide temps dépendante est le plus souvent lente.

temps de génération. voir taux de croissance.

thermophile. Se dit d'un micro-organisme qui peut se développer à des températures élevées.

titre. Inverse de la dilution d'un sérum (ou d'un liquide biologique) pour laquelle une réaction immunologique devient indétectable.

tolérance : Comportement anormal d'une bactérie en présence d'un antibiotique habituellement bactéricide. L'activité bactéricide est diminuée, voire abolie, alors que l'activité bactériostatique est inchangée. La tolérance peut être génétique , naturelle (Enterococcus et ampicilline) ou acquise (S. aureus ou S. pneumoniae et bêta-lactamines). Dans ce dernier cas, la souche est désignée comme tol+. La tolérance peut être phénotypique ; certaines conditions de culture peuvent entraîner la tolérance (croissance lente, bactéries dormantes).

toxine. Les toxines sont des protéines produites par les bactéries (soit sécrétées, soit libérées par la lyse bactérienne), qui vont agir à un site cellulaire précis du sujet infecté, différent pour chaque bactérie toxinogène ; ces caractéristiques les opposent à l’endotoxine. L’activité des toxines protéiques est inhibée par des anticorps spécifiques (antitoxines), ce qui peut être utilisé pour le traitement. Cependant, les antitoxines ne peuvent agir sur la toxine fixée sur son récepteur, ce qui limite l’intérêt de l’immunothérapie. Enfin, dans certaines conditions, le traitement des toxines protéiques par un traitement entraînant une polymérisation (formol et chaleur) fait perdre à ces molécules leur pouvoir toxique tout en conservant leur antigénicité : ce sont les anatoxines. Ceci est à la base de la vaccination contre certaines infections, comme la diphtérie ou le tétanos.

transformation. C’est le transfert d'un fragment d'ADN d'une bactérie donatrice à une bactérie réceptrice. L’ADN d’une bactérie donatrice, libéré naturellement lors d’une lyse bactérienne, est transféré sous forme libre à une bactérie réceptrice. La bactérie réceptrice doit être dans un état réceptif, dit de compétence, caractérisé par la présence de récepteurs spécifiques de l’ADN à la surface bactérienne. Ce phénomène n’a été mis en évidence que pour quelques espèces. La transformation est cependant un processus fréquent chez certaines espèces à Gram positif (Streptococcus, y compris Streptococcus pneumoniae, Bacillus, etc.) mais s’observe aussi chez certaines bactéries à Gram négatif (Haemophilus, Neisseria, Moraxella).

transposon. Fragment d'ADN mobile, capable de s'intégrer au génome de cellules hôtes, de se transposer d'un point à un autre de ce génome et de produire des mutations.

typage. Identification infraspecifique (a l'intérieur d'une espece) de bactéries, virus parasites ou mycètes (voir: sérotypage, ribotypage, lysotypage...).

UFC. Abréviation de Unité Formant une Colonie (en anglais, CFU, Colony Forming Unit). C'est l'unité utilisée pour dénombrer les cellules, bactéries ou parasites viables. Une UFC correspond à une colonie observée mais peut correspondre à plusieurs cellules si elles restent agrégées lors du dénombrement. On parle habituellement d'une concentration en "colonies/ml" mais il s'agit en fait d'UFC/mI. En virologie, on emploie le terme d'Unité Formant Plage (UFP) avec la même signification.

zymogramme. Terme désuet employé pour désigner l'étude des fermentations de nombreux substrats par un microorganisme. Il reste employé en mycologie.