Toute exposition à un antibiotique entraîne le développement d'une résistance.

Il peut y avoir une résistance naturelle, comme le staphylocoque naturellement résistant à l'acide nalidixique ou la Klebsielle naturellement résistante à l'ampicilline.
En donnant un antibiotique on sélectionne ce germe résistant par rapport aux autres ...

Il peut y avoir résistance acquise lorsque la pression de la sélection entraîne une mutation du génome ou un transfert de plasmide permettant d'acquérir la résistance. Ceci peut se faire par transformation, transduction, conjugaison ou transposon ...

Les réservoir de gènes résistants se trouvent dans l'environnement, dans l'agriculture, dans la médecine véterinaire et dans le médecine humaine.
Dans l'environnement existent des germes producteurs d'antibiotiques naturellement résistant à l'antibiotique qu'ils produisent (afin de ne pas se suicider).
Dans la médecine véterinaire une quantité astronomique d'antibiotique est utilisée en dose sous thérapeutique pour améliorer la production de viande. Il peut y avoir transfert horizontal d'un animal ou d'une espèce à l'autre puis colonisation chez l'homme. Il peut y avoir ainsi une résistance croisée entre des antibiotiques de la même famille donnés à l'animal et en même temps à l'homme ( ex. glycopeptides: chez l'animal l'avoparcin et chez l'homme la vancomycin).

Depuis 1997 l'OMS a pris position et affirme que les antibiotiques doivent être progressivement abandonné dans l'élevage et l'agriculture car ils constituent un risque pour la santé de l'homme. On cite en exemple le modèle suédois qui semble avoir supprimé les antibiotiques de la production carnée.

En médecine humaine il est prouvé qu'une exposition récente aux antibiotiques augmente la résistance d'E.coli à ces mêmes antibiotiques.
Les pneumocoques dont 7% étaient résistants aux macrolides en 1921 sont actuellement résistants à 20% à ces mêmes antibiotiques.
La résistance des pneumocoques à la pénicilline est actuellement de 16%.
Pour le staph. doré 19% sont MRSA (methicillin résistant), 24% sont résistants aux fluoroquinolones et 22% à l'érythromycine.
L'Hemophilus est résistant dans 11% des cas à l'ampicilline, 13% au sulfamethoxazole.
Moraxella est résistant dans 93% des cas à l'ampicilline.
E.coli est résistant dans 36% des cas à l'ampicilline, 21% à l'Augmentin et 3% aux fluoroquinolones.
Le campylobacter est résistant dans 20% des cas aux fluoroquinolones.

Les bons principes voudraient que l'on donne le moins souvent possible un antibiotique, que l'on évite de donner des antibiotiques à large spectre, que l'on favorise le drainage chirurgical quand il est possible, et que l'on évite les concentrations subminimales.
Suivant les antibiotiques et les germes on tiendra compte de la CMI et du temps au dessus de cette CMI.

La théorie n'équivaut pas toujours à la pratique et l'on retiendra pour les IVRS (voies resp. sup.) l'amoxy-clav. ou les céphalo. de 3è géneration plutôt que les macrolides. Pour les infections urinaires on retiendra les fluoroquinolones plutôt que le sulfamethoxazole (si le patient a une sonde urinaire on priviliégiera la culture antibiogramme avec un traitement ciblé court). Pour les diarrhées on privilégiera les fluoroquinolones en se rappelant que 20% des campylobacter y sont résistants et qu'il faut donner un macrolide.

Mais la difficulté n'est pas tellement que donner comme antibiotique mais plutôt quand ne pas donner d'antibiotique ... Avant c'était les anxiolytiques qui permettait de mesurer le temps que le médecin prenait, maintenant peut-être que ce pourrait être les antibiotiques prescrit trop souvent qui pourraient être une indication de la hâte du médecin.