LES MYCOBACTERIES

Index de bactériologie .

Le genre mycobactérium est défini par :
la morphologie : bacille droit ou incurvé
1 à 10 µm de long sur 0.2 à 0.6 µm de large
la coloration (acido alcoolo résistance)
l'immobilité
le fait que ce sont des bactéries asporulées
leur contenu : guanine et cytosine
ac.gras

PLAN :

I- BACILLES DE LA TUBERCULOSE
Croissance lente
3 espèces principales :
- mycobactérium tuberculosis
- mycobactérium bovis
- mycobactérium africanum

II- BACILLES NON TUBERCULEUX
Croissance rapide
Dits atypiques (saprophytes)
Sont trouvés dans l'environnement
Sont parfois pathogènes
Sont importants depuis l'épidémie d' HIV

ex: M. avium, M. intracellulaire, M. kansasii, M. xenopi

III- MYCOBACTERIUM LEPRAE

I- BACILLES DE LA TUBERCULOSE

A- MYCOBACTERIM TUBERCULOSIS

1 / Pouvoir Pathogène
Il est toujours pathogène et jamais saprophyte. Il donne la tuberculose. La contamination se fait par voie aérienne. Les bacilles ont une multiplication souvent intracellulaire et parfois extracellulaire. Ils se multiplient et survivent dans les macrophages.
Le BK a une action nécrosante revêtant différents caractères :
=> Lors d'une multiplication limitée : La cicatrisation est rapide dans le cas d'une primo infection.
=>Lors d'une multiplication importante: Il y a une lésion exsudative avec formation de caséum résultant de la nécrose.

Conséquence :
- Le caséum s'enkyste et la lésion guérit.
- Ou bien le caséum se rejette à l'extérieur, entraînant une cavité

a / Primo infection
A la radio pulmonaire, on voit un chancre pulmonaire fait de cellules épithélioïdes géantes macrophagiques.
Quand le chancre se calcifie , le BK devient quiescent ou est détruit car il n'a plus d' 02.
La primo-infection est souvent asymptomatique mais parfois il existe des signes généraux.
Parfois, la primo infection se manifeste par une forme grave : Méningite, pleurésie, tuberculose diffuse (miliaire). La forme grave touche surtout les enfants et les immunodéprimés.

b/ Tuberculose post-primaire
Le BK, qui est sous forme quiescente dans le chancre se réactive.
Cela entraîne une tuberculose excavée :
- une pleurésie
- une forme pulmonaire diffuse
- mais il existe d'autres localisations de l'atteinte :
- péricardite
- péritonite
- méningite
- ganglionnaire, ostéo-articulaire, uro-génitale.

c / Tuberculose chez le sujet HIV
Souvent c'est la première manifestation d'une immunodépression.
La tuberculose est à évolution rapide.
Dans un cas sur 4, il s'agit d'une forme pulmonaire peu typique, isolée.
Dans 3 cas sur 4, il s'agit d'une forme pulmonaire associée à des formes rénales, hépato-splénique ...
Souvent le BK est multi-résistant, par suite d'un arrêt ou d'une mauvaise observance du traitement.
Ces malades sont contagieux, ce qui entraime un risque pour toute la population et le personnel soignant :
IL FAUT DONC ISOLER LE MALADE

2/ Bactériologie du Bacille tuberculeux

a/ Coloration
On effectue la coloration de Ziehl Nelsen : On observe une acido alcoolo résistance
- petits bacilles rouges
- 2 à 4 µm de long
- isolés ou en petits amas
- granuleux

b/ Caractéristiques
Faible nombre (Il faut donc une observation prolongée soit environ 200 champs)

c/ Culture
Culture extrêmement lente : Multiplication toutes les 20h.
Milieu enrichi : milieu solide, de Lowenstein Jensen.
Il est possible de faire une culture en milieu liquide.
Culture en aérobie stricte à 37 et à pH 6-7.

Apparition de colonies :
- en 2 à 4 semaines pour le M. tuberculosis ou hominis (colonies épaisses et rugueuses, en choux fleur)
- en 20 à 40 j pour le M. bovis (colonies petites et lisses)
- en 60 à 90 j le M. africanum (colonies très fines)

d/ Caractères biochimiques
- Niacine + (= accumulation d'acide nicotinique.)
- Catalase + : Cette catalase est thermostable à 70° pour les bacilles atypiques tandis qu'elle est thermostable à 20° pour les bacilles typiques )
- Nitratres => nitrites

e/ Caractères physiques
- Sensibles à la chaleur, UV, RX, alcool à 90°, alcool à 70°
- Résistants au froid, à la dessiccation, à de nombreux désinfectants

3 / Immunité Tuberculeuse
Il existe 2 phénomènes :

1 -La sensibilisation : l'allergie
Elle est plus précoce lors d'un second contact.

2- L'immunité
C'est la résistance relative lors d'un nouveau contact. Il s'agit ici d'une immunité cellulaire (pas d'anticorps). Démonstration de l'immunité: phénomène de Koch.
* Inoculation au cobaye de BK vivants :
Après 15 j, il y a apparition de nodules, puis il y a ulcération.
Ensuite, la tuberculose se généralise pour aboutir à la mort au bout de 6 à 9 semaines.
* Injection de BK vivants ou morts ou de protéines de BK au même cobaye :
Après 2 à 3 j, le nodule va se cicatriser mais la tuberculose généralisée due à la première inoculation entraînera la mort du cobaye.
Dans ce second cas, la cicatrisation est due à l'immunité.

4/ Applications
- BCG : Bacilles bovins vivants à virulence atténuée provoquant une immunité ( = cicatrisation)
- CUTI : Protéines de BK + tuberculine entraînant une réaction locale s'il y a eu un contact antérieur avec le BK (= allergie)

5/ Transmission
L' agent de transmission est la salive lors d'une toux.
Il faut donc isoler le malade dans le but d'éviter la contagion.

6/ Diagnostic de la tuberculose
Le BK est pathogène strict donc quand il est présent le diagnostic est fait.

a/ Le prélèvement
Il doit toujours être répété car les BK sont en petit nombre
Le prélèvement est conditionné par la forme de tuberculose :
- Tuberculose pulmonaire --> expectorations du matin
3 examens à 24h d'intervalle
ou tubage gastrique le matin à jeun (utile quand le patient ne sait pas cracher !)

- Tuberculose extrapulmonaire => urine
LCR
liquide articulaire
abcès, etc.

b/ Examen direct
Directement ou après centrifugation.
Coloration de Ziehl Nelsen : Recherche de bacilles acido-alcoolo-resistants.
On peut augmenter la facilité de lecture en colorant à l'aide d'auramine, le bacille devient alors fluorescent.
L'examen est positif quand on a au moins 10 000 bacilles/ml.
Attention : L'examen direct montre seulement la présence de bacilles acido alcoolo résistants (BARR), ce ne sont pas forcément des BK. En effet, il existe des BAAR non pathogènes. L'examen est donc toujours suivi par une culture.

c/ Culture
Il faut d'abord traiter le prélèvement dans le but de diminuer la quantité de germes à pousse rapide (traitement par la soude).
La pousse est lente : 15 j à 3 sem.
Détection: 100 BAAR/mI.
La culture est suivie d'une identification biochimique.
Pas de sérodiagnostic valable.

d/ Antibiogramme
Il est long à obtenir.
* Primo culture : 2 à 4 sem.
* Sub culture sur milieux avec antibiotique et sans antibiotique : 2 à 4 sem.
Puis comparaison (%) de pousses avec et sans antibiotique.

e/ Traitement
Antibiotiques: INH, PAS, Streptomycine, Ethambutol, Rifampicine

7/ Nouvelles méthodes diagnostiques
Le but est une identification plus rapide

a/ Méthode radiométrique
BATEC : il s'agit d'un milieu liquide avec de l'acide palmitique (radioactif).
Quand il y a pousse de germes, ils libèrent du C02 radioactif détecté par l'indice de croissance.
=> détection en 8 à 10 j
Il est possible de faire un antibiogramme en même temps sur le milieu.

b/ Technique de biologie moléculaire
* On identifie ce qui pousse sur le milieu BATEC grâce à des sondes d' identification qui se fixent sur l'ARN ribosomial complémentaire.
24 h après la pousse, on peut lire que c'est telle ou telle bactérie.
* Les sondes ne sont pas assez sensibles pour être directement utilisées sur le prélèvement donc on fait une PCR qui est utilisable sur les produits pathologiques directement.
* Détection : rapide, en 24 à 48h
* Sensibilité : 1 BK
* Spécificité : 100%

ATTENTION!!! Il existe des faux négatifs car :
- Le BK a des parois résistantes aux produits d'extraction habituels donc l'ADN ne sort pas.
- La répartition peut faire que sur un prélèvement il n'y ait pas de BK.
Il existe également des faux positifs.
=> DONC TOUJOURS FAIRE UNE CULTURE EN PARAILLELE.

8/ Prévention et traitement de la tuberculose

a/ Prévention
- Isolement si le malade est ED+ (examen direct positif)
- Vaccination BCG.
Protection relative : fait diminuer les primo infections graves et les mémingites.
Enfants +++
Pays en voie de développement: Risque +++ , ttt difficile, donc vaccination recommandée.
Pays industrialisés: mieux vaut utiliser une surveillance: Les avantages compensent les inconvénients. Le BCG a peu d'importance pour la transmission chez l'adulte.

b/ Traitement
Antibiotiques particuliers : INH, PAS, Ethambutol, Rifampicine, Pyrazinamide.
Problème :
- Mutants résistants naturels
- Apparition de résistance pendant le ttt

Conclusion :
- Association d'antibiotiques
- Traitement long de 6 à 9 mois : 4 antibiotiques pendant 2 mois, puis 2 antibiotiques

Chimioprophylaxie :
Sujet CUTI +, sans signe pulmonaire: INH pendant 12 mois.

B/ AUTRES BACILLES TUBERCULEUX

l/ Mycobactérium Bovis
Chez les bovins, il provoque une tuberculose pulmonaire ou une mammite.
Chez l'homme, il entraîne une tuberculose :
- digestive
- ganglionnaire
- pulmonaire plus rarement

Ce bacille a pratiquement disparu, car on abat les bovins avec une cuti +.

Bactériologie : colonies petites, non pigmentées en 20 à 40j.
catalase + à 70
niacine +
nitrite +

2/ Mycobactérium Africanum
Tuberculose en Afrique Noire (20 à 80%)
Bactériologie : colonies fines en 60 à 90j
catalase + à 70 %, 22 si INH résistant
niacine plus ou moins positive

C/ MYCOBACTERIES ATYPIQUEs (non tuberculeuse)

l/ Généralités
Présent dans l'environnement.
Pathogène opportuniste surtout chez le malade immuno-déprimé.
Diagnostic +++ doit être retrouvé plusieurs fois dans les prélèvement pulmonaires. Si le prélèvement est normalement stérile, leur présence est anormale et fait le diagnostic.
Traitement difficile

2/ Pouvoir pathogène spontané
Examen direct : Bacille acido alcoolo résistant (rouge sur fond bleu)
Identification :* Température de croissance
* Pigmentation seulement à la lumière => photochromogène
* Pigmentation à la lumière et à l'obscurité => scotochromogène
* Catalase thermostable * Vitesse de croissance

Nouvelles techniques :* Acide mycolique
* Sonde d'ADN marquée => ARN ribosomial
* Amplification génique : PCR.

3/ Espèces les plus fréquentes

M. marinum => nodules cutanés: photochromogène

M. kansaii => infection pulmonaire chronique : photochromogène
infection généralisée chez le sidéen

M. xénopi => infection nosocomiale svt pulmonaire parfois osseuse : Scotochromogène

M. avium => important depuis le SIDA => infection opportuniste
Infection survenant tard dans l'immunodépression
signe d'appel: digestif
détecté dans les hémoculture et les biopsies


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