Escherichia coli fait partie des bactéries de la flore intestinale de l'homme et des animaux. Certaines de ses souches sont pathogènes, d'autres non. Dans tous les cas, leur présence dans l'eau, dans l'urine ou dans les aliments, témoigne d'une contamination fécale, et donc d'un risque de propagation de germes transmissibles par voie oro-fécale (virus des hépatites A ou E, virus de la poliomyélite, vibrions du choléra, salmonelles, etc.). L'eau ou la substance alimentaire contenant E. coli peuvent donc être dangereuses et doivent être mises à l'écart. La recherche de traces de contamination fécale dans les eaux de baignade, dans l'eau du robinet ou dans l'alimentation est particulièrement importante en Santé Publique. La contamination fécale récente des eaux de baignade en France dans le Var a conduit à une interdiction de baignade sur certaines plages, et celle de viande hachée aux Etats-Unis au retrait de milliers de tonnes de viande des circuits de distribution alimentaire. La détection des bactéries marqueurs de contamination fécale est donc cruciale pour la surveillance.
Grâce au d'hybridation in situ , une mise en culture des bactéries de l'eau ou de l'urine sur milieu solide n'est plus nécessaire. En deux heures, la présence ou l'absence d'E. coli est établie. Pour les substances alimentaires non filtrables, une mise en culture préalable est encore nécessaire, mais le test permet néanmoins de gagner 24 heures sur les analyses classiques.
Ce test utilise une sonde moléculaire* marquée par une substance fluorescente, qui se lie très spécifiquement à E. coli. Il permet de localiser et de dénombrer au microscope ces bactéries dans un milieu liquide. Signalons que cette sonde peut également être appliquée au diagnostic médical pour les urines, 85% des infections urinaires étant dues à E. coli.
* sonde oligonucléotidique réagissant avec l'ARN ribosomal 16 S d'E. coli .
Pour les passionnés Un peu de théorie.